인보이스 제도 경과조치 변경: 공급처의 과세 구분 관리 3단계

본 기사는 주식회사 DnD(https://dnd-inc.jp)의 칼럼 일부를 편집하여 게재했습니다.

최초 공개: https://dnd-inc.jp/blog/invoice-keika-sochi-2026-supplier-check.html

인보이스 제도가 시작된 2023년 10월부터 3년이 지났습니다. 당시 '일단 대응했다'는 회사가 많지 않을까요? 하지만 2026년 10월 1일, 레이와 8년도 세제 개정으로 경과조치가 변경되었습니다. 면세 사업자(인보이스 등록을 하지 않은 사업자)로부터의 매입에 대한 매입세액 공제 비율이 기존의 80%에서 70%로 낮아졌습니다. 이 변경은 '회계 소프트웨어 설정만 고치는' 것으로 끝나지 않습니다. 어느 공급처가 면세 사업자인지 파악하지 못하고 있거나, 공급처의 과세 구분을 Excel이나 종이로 관리하는 회사에게는 경리 처리 실수가 발생하기 쉬운 전환점이기도 합니다. 이번 글에서는 변경된 사실을 정리한 후, 오늘부터 자사에서 확인할 수 있는 것과 시스템으로 관리하기 위한 진행 방법을 설명합니다.

이 기사의 핵심 요약

• 레이와 8년도 세제 개정으로 인보이스 미등록 사업자로부터의 매입세액 공제 비율이 2026년 10월 1일부터 80% → 70%로 변경됩니다. 이후 2028년, 2030년, 2031년에도 단계적으로 축소됩니다.
• 영향을 받는 곳은 면세 사업자(일인 가장・프리랜서・소규모 사업자 등)와 거래가 있는 과세 사업자입니다. 공급처의 과세 구분을 파악하지 못한 회사는 즉시 확인이 필요합니다.
• 수동 관리는 변경될 때마다 반복됩니다. 수발주 시스템에 과세 구분을 내장하고, 청구서 AI-OCR 처리를 통해 자동화하는 것이 장기적인 부담을 줄일 가장 빠른 길입니다.

인보이스 제도(적격 청구서 등 보존 방식)에서는 매입세액 공제를 받기 위해 원칙적으로 적격 청구서(인보이스)의 보존이 필요합니다. 인보이스를 발행할 수 있는 것은 세무서에 등록한 과세 사업자로 한정되므로, 면세 사업자(등록 번호가 없는 사업자)로부터의 매입은 공제 대상에서 원칙적으로 제외됩니다.

다만 제도 시작 시점(2023년 10월)부터 면세 사업자와의 거래에 대한 경과조치로서 매입세액의 일정 비율을 공제할 수 있는 경과조치가 마련되어 있었습니다. 당초 스케줄로는 2026년 10월부터 공제 비율이 50%가 될 예정이었으나, 레이와 8년도 세제 개정(2026년 1월 27일 각의 결정)에 따라 단계적 축소 스케줄이 변경되어 2026년 10월 1일 이후 매입분부터 70%로 변경되었습니다.

또한, 동일한 면세 사업자로부터의 매입 합계액 경과조치 적용 한도가 10억 엔에서 1억 엔으로 축소되었습니다. 대규모 면세 사업자와 거래가 있는 경우, 이 한도도 확인이 필요합니다.

이 변경의 영향을 받는 것은 다음 중 하나에 해당하는 중소기업입니다.

• 일인 가장・프리랜서에게 외주를 주는 회사: 건설업 일인 가장, 디자인・영상・IT 계열 프리랜서, 청소・경비・경량 화물 운송 등. 면세 사업자로 등록하지 않은 경우가 많습니다.
• 소규모 농가・어업자・임업자로부터 매입이 있는 회사: 음식점업・식품 제조업・청과 도매 등, 지역의 소규모 생산자와 거래하는 업종.
• 소규모 개인 상점・전문점에서 매입 거래가 있는 회사: 연간 1,000만 엔 이하의 매출을 가진 공급처는 면세 사업자일 가능성이 있습니다.

자사도 과세 사업자이더라도 간이과세 제도를 선택하는 경우에는 매입액과 관계없이 소비세를 계산하므로, 이 경과조치의 영향을 직접 받지는 않습니다. 확인에 자신이 없다면 자문 세무사에게 상담하는 것을 권장합니다.

인보이스 제도 대응을 위해 2023~2024년에 회계 소프트웨어 설정 변경이나 청구서 포맷 업데이트를 한 회사는 많았을 것입니다. 그러나 이번 개정으로 80%를 전제로 설정했던 세 구분・자동 분개・공제 계산 설정을 70%로 업데이트할 필요가 생겼습니다. 2028년, 2030년, 2031년에도 같은 작업이 반복됩니다. 수동 대응을 계속하는 경우, 3년마다 설정 변경과 확인에 공수가 발생하는 것을 전제로 해야 합니다.

이번 경과조치 적용에는 공급처별로 '적격 청구서 발행 사업자인지 여부'를 구분하여 관리할 필요가 있습니다. 이 정보를 Excel이나 종이로 관리하는 회사에서는 공급처가 늘어날 때마다 확인 수고가 늘어나고 누락이 발생하기 쉽습니다. 공급처 마스터에 과세 구분 정보가 없다면, 경리 담당자는 매번 청구서를 육안으로 확인하게 됩니다.

2031년까지 경과조치가 끝날 때까지, 공제율은 여러 번 바뀝니다. 매입처가 면세사업자인 한, 공제할 수 있는 세액은 단계적으로 줄어듭니다. 세금 부담 변화를 파악하기 위해서도, 매입처의 과세 구분・거래 금액・공제 예상액을 일원 관리할 수 있는 시스템이 있다면 경영 판단(거래 지속 여부・조건 재검토 등)의 근거가 마련됩니다.

우선 현재 상황을 파악하기 위해 다음 6가지 항목을 확인해 주세요. 담당자가 답변하지 못하는 항목일수록 대응 우선순위가 높은 부분입니다.

1, 2를 파악하지 못한다면, 먼저 매입처 목록 정리부터 시작하는 것을 추천합니다. 국세청의 '적격 청구서 발행 사업자 공표 사이트'에서 거래처 등록 번호를 검색하여 확인할 수도 있습니다.

Excel이나 수동으로 관리하는 것에는 한계가 있습니다. 경과조치가 바뀔 때마다 설정을 업데이트하고 확인하는 반복적인 구조를 바꾸기 위해서는, 수발주・매입 관리에 과세 구분 정보를 포함시키는 것이 근본적인 해결책입니다.

기존의 매입처 관리 목록(Excel이나 CSV)에 '적격 청구서 발행 사업자 번호'와 '과세 구분(과세/면세)' 열을 추가하고, 확인된 정보를 입력합니다. 이것만으로도 다음번 변경 대응이 '면세사업자인 행을 추출하여 영향 범위를 확인하는' 작업으로 바뀝니다.

더 나아가 매입처 관리를 업무 시스템에 통합할 경우에는, 매입처별로 과세 구분・경과조치 공제율・적격 번호의 유효 기간을 보유하는 데이터베이스 설계가 중요합니다. 공제율은 기간에 따라 자동으로 전환되는 메커니즘으로 만들면, 2028년・2030년 개정 시에도 설정 변경에 필요한 공수가 들지 않습니다.

발주서 작성 시, 매입처 마스터의 과세 구분을 참조하여 '이 매입처는 면세사업자이므로 경과조치 적용'이라고 자동으로 판별할 수 있는 시스템을 갖추면, 발주 담당자가 과세 구분을 조사하는 수고가 사라집니다. 발주 금액에서 공제 예상 세액을 자동 계산하고 회계 시스템에 연동함으로써 이중 입력도 방지할 수 있습니다.

매입처로부터 도착하는 청구서에 적격 번호가 기재되어 있는지 육안으로 확인하는 작업은 매입처가 많은 회사일수록 부담이 됩니다. AI-OCR을 사용하면, 청구서의 이미지・PDF에서 적격 번호를 자동으로 읽어 들여 매입처 마스터와 대조하여 과세 구분을 자동 부여할 수 있습니다.

읽기 결과를 매입처 마스터에 반영하고, 차이가 있을 경우 알림(Alert)을 주는 설계로 하면, 매입처가 과세 사업자로 등록했거나 (또는 등록 말소했을) 경우도 자동으로 파악할 수 있습니다.

갑자기 큰 시스템을 구축할 필요는 없습니다. 먼저 **①기존의 매입처 목록에 과세 구분을 추가하는 것(오늘부터) → ②AI-OCR로 청구서 적격 번호를 읽어보는 시험 도입(12개월) → ③수발주 시스템과의 연동(36개월)**과 같은 단계로 진행하면, 위험을 줄이면서 효과를 확인하며 나아갈 수 있습니다.

자사의 매입처 관리나 수발주 시스템에 대해 상담해 보지 않겠습니까?

상담・견적은 무료입니다. '현황을 정리하고 싶다'는 단계부터 받고 있습니다.

무조건 그렇다고 할 수는 없습니다. 거래를 중단하는 대신 거래 조건을 재검토하는(할인 협상, 수발주 규칙 변경) 선택지도 있습니다. 먼저 자사에게 면세사업자와의 거래 총액이 어느 정도인지 파악하고, 세금 부담 증가분을 정량적으로 확인한 후에 판단하는 것이 중요합니다. 갑작스러운 거래 중단이나 부당한 가격 인하 요구는 독점금지법・하청업법상의 문제가 될 수도 있으므로, 고문 세무사나 변호사에게도 상담할 것을 추천합니다.

freee・Money Forward・Yase Accounting 같은 주요 클라우드 회계 소프트웨어는 2026년 10월 1일 이후의 매입분에 대해 경과조치 공제율을 70%에 대응시킨 업데이트를 제공/예정하고 있습니다(각사 지원 페이지에서 확인할 수 있습니다). 다만, 자체 개발 시스템이나 구 버전의 회계 소프트웨어를 사용하는 경우에는 세금 구분 설정을 수동으로 재검토해야 합니다.

네. 레이와 8년도 세제 개정(2026년 1월 각의 결정)으로 확정된 단계적 축소 스케줄에서는, 2028년 10월부터 50%, 2030년 10월부터 30%로 이어지다가, 2031년 10월 1일 이후는 공제 불가(0%)가 될 예정입니다. 그때마다 수동 대응을 계속할 경우, 경리 담당의 공수가 들고 설정 오류 위험도 지속됩니다. 지금 미리 매입처의 과세 구분을 자동으로 관리할 수 있는 시스템을 갖추는 것이 장기적으로 부담을 줄여줍니다.

먼저 기존의 매입처 목록(Excel 등)에 '적격 청구서 발행 사업자 여부'와 '거래 금액' 열을 추가하여, 현황을 가시화하는 것부터 시작하는 것이 가장 비용이 낮은 출발점입니다. 이를 바탕으로 '언제까지 무엇을 자동화할지'의 우선순위가 결정됩니다. 수발주 시스템에 과세 구분을 통합하거나, 청구서 AI-OCR 처리는, 현황 정리가 끝난 후에 진행하는 편이 사양의 되돌림(재작업)이 적습니다.

이 기사는 주식회사 DnD(업무 효율화・DX 파트너)가 운영하는 칼럼의 전재입니다.

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