현대의 대규모 언어 모델 (LLMs)은 복잡한 임상 사례 벤치마크에서 60-70%의 진단 정확도에 도달하지만, 정확도만으로는 임상에 근거한 안정적인 추론과 패턴 매칭 (pattern matching)을 구분할 수 없습니다. 우리는 5개의 노드 유형과 7개의 엣지 유형을 가진 도메인 기반 온톨로지 (ontology)를 사용하여 자유 형식 텍사트(free-text) LLM 진단 추적(diagnostic traces)에서 추출한 구조화된 그래프 표현인 임상 추론 그래프 (clinical reasoning graphs)를 소개합니다. 우리는 이 파이프라인을 50개의 New England Journal of Medicine Clinicopathological Conference 사례와 세 가지 프롬프트 조건에 걸쳐 5개의 LLM으로부터 얻은 750개의 추적 데이터에 적용하여, 진단 추적(diagnostic traces)이 임상적으로 유사한 사례들에 대해 안정적인 구조적 추론 패턴, 즉 진단 스키마 (diagnostic schemas)를 보여주는지 테스트합니다. 우리는 이를 임상적으로 유사한 사례들 사이의 그래프 유사성 (graph similarity)이 임상적으로 유사하지 않은 사례들 사이의 유사성보다 높게 나타나는 것으로 구체화합니다. 15개의 모델-조건 비교 전반에 걸쳐, 클러스터 내 (within-cluster) 및 클러스터 간 (between-cluster) 복합 유사성은 거의 동일하며, 다중 테스트 교정 (multiple-testing correction)을 통과하는 비교 결과는 없습니다. 구성 요소 수준 (component-level) 분석 결과, 잔여 콘텐츠 신호는 스키마 규모 (schema scale)보다 훨씬 낮게 나타납니다. 그래프 유사성은 둘 다 정답을 맞힌 모델 쌍(0.488)과 둘 다 오답을 낸 모델 쌍(0.484) 사이에서도 거의 동일하게 나타나며, 이는 그래프 구조가 진단 정확도에 반영되지 않는 차원을 포착하고 있음을 시사합니다. 구조적 성찰 프롬프팅 (Structured reflection prompting)은 추적 내의 명시적인 판별 특징 분석 (discriminating-feature analysis)을 증가시키지만 (+33%), 사례 간 일관성 (cross-case consistency)을 높이지는 않습니다. 이러한 결과는 스키마 규모의 추론 일관성 없이도 진단 역량 (diagnostic competence)은 존재함을 보여주며, 최종 답변의 정확도는 프로세스 수준의 평가 (process-level evaluation)로 보완되어야 함을 나타냅니다. 우리는 LLM 임상 추론의 구조적 평가를 위한 리소스로서 온톨로지, 추출 파이프라인, 검증 프로토콜, 그리고 추출된 추론 그래프 및 유사성 아티팩트 (similarity artifacts)를 공개합니다.