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RNAValidate는 AI가 예측한 3D RNA 구조를 실험 데이터(FRET, cryo-EM 등)와 비교하여 검증하는 오픈 소스 linter입니다. 이 도구는 구조의 일관성 및 설계 가능성을 다각도로 감사하며, 합성 전에 잠재적인 오류나 분해 위험을 미리 플래그 지정할 수 있게 합니다.
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원문 바로가기실험 데이터(FRET, cryo-EM, SHAPE/DMS 프로빙, 설계 가능성)와 비교하여 AI가 예측한 3D RNA 구조를 확인하는 예측기 비종속형 linter — 그리고 측정하기 전에 가수분해될 구조들을 플래그 지정합니다.
예측기와 설계 도구(AlphaFold-3, RiboSphere, RoseTTAFold-RNA)는 풍부하지만, 예측된 3D RNA 구조를 실험적 증거와 비교하여 감사하는 오픈 소스 재현 가능한 계층은 없습니다. 합성 전에 검증하면 디자인당 수천 달러를 절약할 수 있습니다.
RNAValidate는 사용자가 생성한 PDB + JSON을 읽고 다섯 가지 규칙을 적용합니다:
F1은 파생 규칙(DERIVED rule) (위험 R5)으로, 저자가 제안한 것이며 단일 논문에서 추출된 것이 아닙니다. 하드 규칙으로 승격되기 전에 측정된 분해(튜브 반감기)에 대한 실험적 검증이 필요합니다. 임계값(FRET RMSD, cryo-EM CC)은 조정된 장치가 아니라 문서화된 화학입니다. 장치들은 최소 합성 헤어핀 PDB와 예시 FRET(외부 유효성, 순환 아님)를 사용합니다.
pip install -e .
rnvalidate check --in structure.pdb --exp exp.json --format json
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