구조 기반 약물 설계 (Structure-based drug design, SBDD)는 단백질 표적의 3D 구조를 활용하며, 종종 다른 공간적 제약 조건 (spatial constraints)을 보완하여 후보 결합 분자를 생성합니다. 확산 모델 (diffusion models)이 고품질 3D 분자 생성의 선도적인 패러다임으로 자리 잡았지만, LLM 기반 방식 또한 분자 설계 분야에서 빠르게 부상하고 있으며 포켓 조건부 분자 생성 (pocket-conditioned molecular generation)에서 경쟁력 있는 성능을 보여주었습니다. 그러나 물리 법칙과 3D 공간 환경에 대해 추론하는 이들의 능력은 아직 충분히 탐구되지 않았습니다. 본 연구에서는 현재의 범용 LLM이 전문화된 확산 모델과 같은 기존 베이스라인과 비교하여 복잡한 3D 제약 조건을 탐색할 수 있는지 체계적으로 분석합니다. 우리는 앵커 파편 (anchor fragments), 약전단점 (pharmacophore points), 그리고 필수적인 포켓-리간드 상호작용 (pocket-ligand interactions)을 포함하여, 리간드 및 상호작용에서 유도된 공간적 제약 조건과 함께 단백질 포켓을 조건으로 하는 3D 리간드 생성을 고려합니다. 이러한 평가를 가능하게 하기 위해, 우리는 다중 조건부 공간 분자 생성 (multi-conditioned spatial molecule generation)에 대한 LLM 성능을 평가하기 위한 토큰 효율적인 벤치마킹 전략인 3D-Fit을 도입합니다. 우리의 연구 결과는 LLM의 공간적 능력에 대한 명확한 패턴을 보여줍니다. LLM은 여전히 최첨단 (state-of-the-art) 방식들에 뒤처져 있지만, 유망하며 여러 공간적 제약 조건을 동시에 처리할 수 있어 이질적인 설정 (heterogeneous setups)으로의 확장이 가능하다는 것을 보여줍니다.